1. 国家重点基础研究发展计划（973计划），合成微生物体系的适配性研究（课题：“异源模块与生物底盘之间交互作用的计算与预测”），2013.01-2017.12，已结题，参加；

2. 国家自然科学基金面上项目，利用代谢网络微进化提高集胞藻6803乙醇耐受性及产率的机制研究，2013.01-2016.12，已结题，主持；

3. 国家重点基础研究发展计划（973计划），微藻能源规模化制备的科学基础（课题：“能源微藻光合固碳的代谢网络及系统生物学研究”），2011.01-2015.12，已结题，课题组组长；

4. 海南省重点研发计划，雨生红球藻海水驯化研究及陆海结合产业模式试点，2019.04-2021.04，参加